Фамилия Ерунины образована по самой частотной модели русских фамилий — с помощью суффикса -ин от личного прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В основе лежит слово «ерунда», но связь эта не прямая, а через прозвище Еруня. В старину ерундой называли не только вздор, но и мелкую, никчёмную работу. Прозвище Еруня могли дать человеку суетливому, который берётся за пустяки, или, напротив, тому, кто любил посмеяться, подшутить, «нести ерунду» в смысле балагурить.

Вторая, менее распространённая версия, возводит основу к диалектному глаголу «ерунить» — «упрямиться, капризничать». В этом случае прозвище Еруня получал человек с норовом, несговорчивый. Оба варианта укладываются в логику русской антропонимии, где прозвища часто фиксировали поведение или характер, а не только профессию.

По географии фамилия Ерунины — редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектная лексика сохранялась дольше. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Еруня, но фамилия в современной форме закрепилась, скорее всего, к началу XIX века.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иван — Иванов), суффикс -ин в данном случае прямо указывает на прозвище самого родоначальника: «чей?» — Ерунин, то есть сын Еруни. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается её редкостью в родословных книгах.