Фамилия Ерунова образована от прозвища Ерун. В некоторых областях так называли плута, мошенника, а иногда и того, кто отличался взъерошенными волосами. Слово «ерун» могло описывать человека несерьёзного, суетливого или внешне неопрятного — в этом случае прозвище давали по поведению или характерной причёске. Модель образования фамилии простая: к основе «Ерун» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем нарастили окончание -а, указывающее на женский род носительницы. То есть Ерунова — это «дочь или жена Ерунова», а изначально фамилия звучала как Ерунов.

Существует и вторая версия, менее правдоподобная: Ерун — это производная форма крестильного имени Иерофей. Имя составлено из греческих слов hieros — «священный» и theos — «бог». Однако, чтобы превратиться в «Еруна», церковное имя должно было пройти через сильное народное искажение, что встречается редко и не подтверждается письменными источниками. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Скорее всего, основатель рода Еруновых был человеком из простого сословия. Фамилии на -ов/-ев в центральной России чаще всего получали крестьяне и посадские люди, а не дворяне. Потомок человека по прозвищу Ерун со временем стал носить фамилию Ерунов, а его дочь или вдова — Ерунова. Встречается эта фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, но точной географической привязки к одному региону нет — носители разбросаны по всей стране.