Фамилия Евгеньевы образована от имени Евгений, что с греческого переводится как «благородный». В основе фамилии лежит не полная, а производная форма имени — Евгень. Такая модель встречается реже, чем вариант от канонического Евгений, и указывает на обиходное, разговорное имя предка.

В крестьянской и мещанской среде фамилии на -ев часто закрепляли за потомками по отцу: «чей сын?» — «Евгеньев», то есть сын Евгеня. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягким окончанием основы: Евгень → Евгеньев. Это типичная восточнославянская модель, и в данном случае она не несёт сословной окраски — фамилия могла возникнуть и в духовенстве, и среди посадских людей.

Покровителем имени считается священномученик Евгений Херсонесский, который проповедовал в Северном Причерноморье, включая Крым, и принял смерть в IV веке. Другой небесный заступник — Евгений Севастийский, воин, пострадавший за веру в III веке: ему вырвали язык, отрубили руки, ноги и голову. Эти примеры показывают, насколько глубоко имя вошло в православную традицию.

Точное место и время возникновения фамилии установить трудно: процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий. Однако можно сказать, что Евгеньевы — не случайная, а осмысленная фамилия, сохранившая память о мирском прозвании предка. В отличие от более поздних искусственных фамилий духовенства, она сформировалась естественным путём, в быту.