Фамилия Евгени встречается настолько редко, что её происхождение приходится собирать по крупицам. В отличие от массовых русских фамилий на -ов и -ин, она не подчиняется привычной модели «имя + суффикс принадлежности». Скорее всего, перед нами не исконно русская, а заимствованная или искусственно закреплённая форма.

Первый и самый очевидный путь — от личного имени Евгений. В русской традиции фамилии от него образовывались как Евгеньев, Евгенин, реже — Евгеничев. Форма Евгени могла возникнуть двумя способами. Либо это русификация иностранной фамилии (например, итальянской Eugenio или французской Eugénie), когда при переезде в Россию окончание отсекли, и носитель стал писаться просто «Евгени». Либо это редчайший случай, когда фамилию записали в именительном падеже, без суффикса, — так могли называть выходца из духовного сословия, где иногда давали «говорящие» фамилии по имени святого, но в упрощённой форме.

Вторая версия связана с греческим происхождением. В греческом языке существует фамилия Ευγένη (Evgeni), которая восходит к тому же корню «благородный, хорошего рода». Если предки были греками, переселившимися в Россию (например, в Причерноморье или крупные города), фамилия могла сохраниться в исходном виде без адаптации. Это объясняет, почему она не получила типичного русского суффикса — её просто не переделывали.

Говорить о сословной принадлежности сложно из-за редкости. Скорее всего, предки не были крестьянами (у них фамилии образовывали по другой модели), а принадлежали к городским слоям, духовенству или иностранным колонистам. Географически стоит искать носителей на юге России, в портовых городах или в среде греческой диаспоры. Однокоренных фамилий у неё почти нет — это делает Евгени уникальным случаем, где само имя стало фамилией без грамматических изменений.