Фамилия Евгенний — редкий случай, когда в основе лежит полное каноническое имя, а не его разговорная форма. В русской традиции фамилии массово образовывались от крестильных имён: Иван дал Ивановых, Пётр — Петровых. Но имя Евгений, хотя и было распространено, в фамильном варианте почти всегда превращалось в Евгеньев (через суффикс -ев, присоединяемый к основе на мягкий согласный). Евгенний же — либо очень поздняя, книжная форма, возникшая в среде духовенства, либо результат орфографической ошибки при записи в метрических книгах.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычный суффикс -ий в русских фамилиях встречается в притяжательных формах (типа Божий, Волчий) или в адъективных фамилиях на -ский/-цкий, но Евгенний — это не суффиксальное образование, а прямое заимствование полной формы имени в именительном падеже. Такое возможно, если фамилия фиксировалась как «Евгенний» по документам, где имя записывали без изменений, а потом закрепилось как наследственное прозвание. Подобные примеры единичны: Степанний, Алексий (не путать с Алексеевым).

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, югу России. Там под влиянием украинского и польского языков имя Евгений нередко произносили как «Евген» (с ударением на второй слог), и двойное «нн» в фамилии могло появиться как графическое усиление. В польской традиции фамилии типа Eugeniusz (Евгениуш) тоже давали формы с двойной согласной, но в русской адаптации они упрощались.

По социальному происхождению носители фамилии Евгенний, скорее всего, принадлежали к духовному сословию или к мелкопоместному дворянству. В среде священников было принято давать фамилии по именам святых в полной, не усечённой форме. Однако массовых данных нет: фамилия настолько редкая, что не попала в крупные дореволюционные справочники. В современных телефонных книгах её носители встречаются единицами, что подтверждает её штучный, «кабинетный» характер.

Спорных версий происхождения две. Первая — отчество от прозвища «Евгеня», которое могло быть уменьшительным от Евгений, но с двойным «н» в окончании. Вторая — искусственное создание в советское время, когда при смене фамилий люди брали за основу полное имя, не зная норм русской ономастики. Первая версия правдоподобнее: фамилия встречается в метрических книгах XIX века, значит, возникла раньше.