Фамилия Евстинеев — редкий случай, когда в основе лежит не полное каноническое имя, а его обиходная, просторечная форма. Она происходит от крестильного имени Евстигней (от греческого «евстигнеос» — «благой знак», «добрый знак»). В народной среде длинное и неудобное для произношения имя Евстигней сократили до Евстин (Евстина), а от этого усеченного варианта и пошла фамилия.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Евстинеев буквально означает «сын Евстинея». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имен на -ей, -ай (ср. Андреев, Алексеев). Интересно, что в документах XVII–XVIII веков можно встретить параллельные формы: Евстигнеев (от полного имени) и Евстинеев (от краткого). Вторая форма закрепилась как самостоятельная фамилия, а не как описка писаря.

География фамилии тяготеет к центральным и южным губерниям России. В переписных книгах XVIII века Евстинеевы чаще всего фиксировались среди однодворцев и государственных крестьян — то есть людей, лично свободных, но обязанных нести службу или платить подати. Встречается фамилия и в купеческой среде, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где имя Евстигней было популярно у старообрядцев.

Ошибочно было бы искать в фамилии связь с греческим «эвстинео» — «крепкий, сильный», хотя это созвучие подкупает. Филологически верная цепочка: Евстигней → Евстиня (уменьшительное) → Евстинеев. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Евстигней уже к началу XX века почти вышло из употребления, а его краткая форма и вовсе сохранилась только в фамильном наследии.