Фамилия Евстюнин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием стоит сложная греческая основа. В её центре — имя Евстюня. Это не каноническое церковное имя, а его просторечная, обиходная форма, которую в быту использовали вместо полного, длинного и не всегда удобного для повседневной речи варианта.

Евстюня — это сокращение сразу от нескольких греческих имён, начинающихся на «Евст-». Самое распространённое из них — Евстигний, что значит «благой родственник». Но возможны и другие исходники: Евстафий («благоустроенный», «устойчивый»), Евстихий («меткий», «остроумный») и Евстратий («добрый воин»). Все эти имена пришли на Русь вместе с христианством, но в народе их быстро «обрусели», урезав до коротких и удобных форм вроде Евстюни, Евстигнейки или Евстратки.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе Евстюн- добавили суффикс принадлежности -ин. Буквально Евстюнин означает «сын Евстюни» или, шире, «потомок того, кого звали Евстюня». Суффикс -ин, в отличие от -ов, обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что и произошло с именем Евстюня.

С точки зрения географии фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается она нечасто, что неудивительно: редкое имя-основа даёт и относительно редкую фамилию. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, что говорит о её демократичном происхождении — в среде духовенства или дворянства такие «упрощённые» формы календарных имён приживались хуже.

Интересная деталь: написание фамилии могло колебаться. В старых метрических книгах встречается вариант «Евстюгин» — от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Однако форма «Евстюнин» закрепилась как основная, и сегодня именно она считается нормативной.