Фамилия Фединин — одна из тех, что образована напрямую от разговорной формы крестильного имени. В основе лежит имя Федя — уменьшительное от Фёдор (греч. Theodoros — «дар Бога»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — Федин, то есть сын или потомок Феди. В русской ономастике это одна из самых распространённых моделей, но в случае с Федининым есть нюанс.

Обычно от имени Федя образуют фамилию Федин. Фединин — более редкий вариант. Здесь работает двойной суффикс: сначала -ин (Федин), а затем ещё один -ин, присоединённый к уже готовой основе. Такое «наращивание» суффиксов — не ошибка, а живой процесс в народной речи. В некоторых говорах, особенно на севере и в Сибири, фамилии на -инин встречаются чаще: вспомните параллели вроде Гаврилин — Гаврилинин, Ильин — Ильинин. Так что Фединин мог возникнуть как вторичная форма, чтобы точнее указать на родство, или как диалектная особенность.

По географии фамилия рассеяна, но плотнее всего встречается в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Владимирской губерниях. Там имя Фёдор было особенно популярно, а местные говоры любили удлинённые формы фамилий. Встречаются Фединины и на Урале, куда их занесли переселенцы в XVII–XVIII веках.

Прозвищная версия маловероятна, но не исключена: в некоторых диалектах «федя» могло означать простоватого, медлительного человека. Однако основное и самое надёжное объяснение — от имени Федя с нестандартным суффиксальным оформлением. Сословной привязки у фамилии нет: её носили и крестьяне, и мещане, и священники. В документах XVIII–XIX веков Фединины встречаются как в списках однодворцев, так и в ревизских сказках помещичьих крестьян.