Фамилия Федотайнен — редкий случай, когда русское имя получило финскую «огранку». Её основа — православное крестильное имя Федот (греч. Θεόδοτος — «данный Богом»). Но к ней прирос не типичный для русских фамилий суффикс -ов/-ев или -ин, а финский патронимический формант -нен. В карельской и финской ономастике суффикс -нен означает принадлежность к роду, месту или хозяйству, примерно как русское «-ов сын» или «из рода такого-то». То есть Федотайнен — это «из рода Федота» или «Федотов сын» в финском прочтении.

Появление такой фамилии почти наверняка связано с историей Северо-Запада России. В XIX — начале XX века в Олонецкой губернии, на территории современной Карелии и Ленинградской области, активно шёл процесс русификации местного населения, но при этом сохранялись финно-угорские модели образования фамилий. Финны-инкери, ижора, карелы, принимая православие, получали русские имена, а фамилии образовывали по своему языковому шаблону. Так имя Федот превратилось в Федотайнен. Интересно, что в той же традиции возникли фамилии Иванайнен, Сидоров-Сидоройнен, Тимофей-Тимофойнен.

В современной России фамилия встречается редко и в основном на Северо-Западе, особенно в Карелии и Ленинградской области. Её носители — потомки тех самых православных карел или ингерманландских финнов, которые сохранили в фамилии память о своём языке и происхождении. Никакой другой этимологии, кроме как от имени Федот с финским суффиксом, у фамилии нет — это чистый пример межкультурного контакта, когда русское имя «переоделось» в финскую грамматику.