Фамилия Федотин — довольно редкий вариант в ряду фамилий, образованных от имени Федот. В отличие от массовых Федотовых, форма с суффиксом -ин указывает на иную модель происхождения: она построена не от полной церковной формы имени (Федот), а от его обиходной, разговорной основы Федота, которую приняли за исходную для притяжательного прилагательного. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а, -я, так что Федотин буквально значит «сын Федоты» или «человек из дома Федоты». Само имя Федот — это народная форма греческого Феодот («данный Богом»), так что этимологически носитель фамилии — потомок того, кого родители нарекли «богоданным».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Федот было особенно распространено в крестьянской среде. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания Федотиных среди посадских людей и однодворцев, но массового распространения фамилия не получила. Интересно, что в некоторых говорах форма «Федота» могла закрепиться как самостоятельное имя, а не только как краткий вариант: это усиливало вероятность появления фамилии именно на -ин, а не на -ов.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять механизм. Федотов — самая частая фамилия от этого имени, она образована по продуктивной модели «имя + -ов». Федотин стоит в том же ряду, что и, например, Гаврилин (от Гаврила) или Данилин (от Данила): все они показывают, что в основе лежала форма имени, воспринимавшаяся как основа на -а. Встречаются также варианты Федотьев (от Федотий) и Федоткин (от уменьшительного Федотка), но Федотин выделяется своей редкостью и нестандартным для этого корня суффиксом.

Версия о происхождении от прозвища Федота, данного по поведению или внешности, маловероятна: в документах нет устойчивого прозвища с таким значением. Правдоподобнее, что фамилия возникла в среде, где имя Федота бытовало в обиходе как полное, а не уменьшительное. Сословно Федотины — скорее всего, потомки крестьян или мещан, так как дворянские роды с такой фамилией не фиксируются. В современных телефонных справочниках фамилия встречается единично, в основном в Курской, Воронежской и Ростовской областях, что подтверждает её локальный характер.