Фамилия Федотенкова рассказывает о предке, которого звали Федот. Это народная, сокращенная форма канонического церковного имени Феодот, что в переводе с греческого означает «данный богами». Имя было распространено на Руси, а одним из его небесных покровителей считают преподобного Феодота Кесарийского.

Сама фамилия отвечает на вопрос «чей?» и означает «дочь или жена человека по прозвищу Федотенко». Разбор по частям показывает путь фамилии: основа Федот, уменьшительный суффикс -енко, который в украинской и белорусской традиции закреплялся за сыном, и русский матримониальный суффикс -ова, указывающий на женскую линию рода.

Изначально фамилия Федотенко возникла на территории Украины или Белоруссии — об этом говорит характерный суффикс -енко, который в тех краях означал «маленький», «сын» или «ученик» и постепенно закрепился как семейное прозвание. Со временем род, вероятно, перебрался в Великороссию, где фамилия подверглась русификации: к мужской форме добавили русский суффикс принадлежности, а женская ветвь получила окончание -ова. Так потомок человека по имени Федот стал Федотенковым, а его дочь или жена — Федотенковой.

Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия: в среде крестьян и ремесленников отчества на -енко встречались чаще, чем у знати, которая предпочитала фамилии на -ов/-ев или -ский. В документах фамилия могла писаться по-разному — Федотенко, Федотенков, Федотенкова, — пока не устоялся современный вариант.