Фамилия Федото — редкий пример, когда фамилия сохранила старую форму родительного падежа множественного числа. В русской ономастике такие фамилии чаще встречаются на -их и -ых (Седых, Косых), но вариант на -о тоже возможен, хотя и нетипичен для центральных областей. Фактически фамилия Федото отвечает на вопрос «чей?»: «из дома Федотов» или «из рода Федотов». Произносится она с ударением на последний слог — Федото́.

Основа фамилии — каноническое крестильное имя Феодот (от греческого «теодотос» — «данный богами»). В народном обиходе имя быстро утратило начальное «е» и превратилось в Федот. От него образовалась одна из самых распространённых русских фамилий — Федотов, а Федото — это её усечённая, застывшая форма, которая могла закрепиться в результате местных говоров или при переписи населения. Такое явление встречается в северных и сибирских диалектах, где окончание фамилии могло редуцироваться или записываться на слух без полного суффикса.

По модели образования фамилия Федото нестандартна: суффикса -ов или -ин здесь нет, слово стоит в неизменяемой форме. Это сближает её с украинскими фамилиями на -о (Шевченко, Коваленко), но в русском контексте она скорее указывает на древнюю фиксацию прозвища или на то, что предок был известен в общине как «Федото» — то есть один из многих Федотов, но с уточнением родовой принадлежности.

Вероятнее всего, носители фамилии Федото происходят из крестьянской среды, где фамилии часто записывали по отцу или деду без строгих грамматических правил. Географически фамилия встречается спорадически, в основном на Русском Севере и в Сибири — регионах, где долго сохранялись архаичные формы речи. В центральных и южных областях она почти не фиксируется, что подтверждает её локальный характер.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Федотов, Федоткин, Федотищев) показывает, что Федото — самая краткая и, возможно, самая старая по форме запись. В отличие от Федотова, где суффикс прямо указывает на принадлежность одному конкретному Федоту, Федото могло означать «из семьи Федотовых» в целом, без выделения одного человека. Это делает фамилию не просто производной от имени, а маркером целого рода.