Фамилия Федотушкин отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного имени через цепочку уменьшительных форм. В её основе лежит не само крестильное имя, а его домашний, обиходный вариант — Федотушка. Так на Руси называли человека, носившего полное церковное имя Феодот, что в переводе с греческого означает «данный Богом». Сын такого Федотушки, а затем и более далёкие потомки, получали прозвание Федотушкины, которое со временем закрепилось как фамилия.

Словообразовательная модель здесь простая и очень распространённая: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность конкретному лицу. То есть Федотушкин буквально значит «сын Федотушки». Редкость фамилии объясняется тем, что в качестве основы взята не стандартная форма Федот или Федотьев, а именно ласкательный вариант с суффиксом -ушк-. Такие формы часто возникали в быту, но не всегда попадали в официальные документы — их фиксировали реже, чем обычные имена.

Церковная история имени связана с преподобным Феодотом Кесарийским. Согласно житию, в юности он поступил в Московский Симонов монастырь, но душа его жаждала пустынничества. Феодот покинул обитель и поселился в уединённом месте, где жили дикие звери и появлялись разбойники. Этот сюжет хорошо показывает, почему имя было популярно среди монашествующих: оно подчёркивало идею божественного дара и промысла, а сам подвиг отшельничества делал его почитаемым.

В крестьянской и мещанской среде имя Феодот встречалось довольно часто, а вот фамилия Федотушкин распространения не получила. Причина в том, что уменьшительная форма с суффиксом -ушк- носила ярко выраженный ласкательный оттенок. Такие имена обычно использовали в семейном кругу или в общении с детьми, поэтому и фамилии от них возникали реже, чем от полных или стандартных сокращённых форм. В архивных записях Федотушкиных можно встретить в центральных губерниях России, но массового распространения фамилия не имела.

Стоит различать Федотушкина и однокоренные фамилии. Федотов, Федоткин, Федотенков, Федотихин — все они восходят к тому же имени, но образованы от разных его форм. Федотушкин выделяется именно своей «домашней» основой, что делает её любопытным примером того, как личное прозвище, данное в кругу семьи, со временем становилось официальным родовым именем.