Фамилия Федотушкина — это женская форма, а мужская, соответственно, Федотушкин. Она образована от имени Федотушка, которое является уменьшительно-ласкательной формой канонического имени Федот. Само имя Федот пришло на Русь из греческого языка, где Θεόδοτος (Теодотос) означает «данный богами». В русской народной среде имя было очень популярно, поэтому породило множество производных форм: Федя, Федотка, Федотушка — и, как следствие, массу фамилий-«тёзок»: Федотов, Федоткин, Федотьев, Федотушкин.

Ключевая особенность этой фамилии — суффикс -ушк-. В отличие от стандартного -ов/-ев или -ин, суффикс -ушк- в основе фамилии прямо указывает на то, что прозвище или домашнее имя предка было именно ласкательным. В русской деревне так могли называть младшего сына, любимого внука или просто человека с мягким характером. То есть родоначальник Федотушкиных был, скорее всего, не просто Федотом, а «Федотушкой» — так его звали в семье или в узком кругу соседей.

Фамилия сравнительно редкая. Она не относится к числу дворянских или купеческих (там чаще фиксировались полные формы имени вроде Федотов). Федотушкины — это, как правило, потомки крестьян или мещан, причём преимущественно из центральных и северных губерний России, где были сильны традиции домашних, неофициальных имён. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто встречаются в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Федотушкин стоит в одном ряду с Федькиным, Федюшкиным или Федоткиным — все они образованы от уменьшительных форм, но каждая со своим эмоциональным оттенком. «Федотушка» звучит теплее и ласковее, чем нейтральное «Федотка». Поэтому, вероятно, предок носителя этой фамилии был человеком, к которому относились с особой симпатией, или же это имя закрепилось за ним в детстве и осталось на всю жизнь.