Фамилия Филарет — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не мирское имя, а полное каноническое имя, причём не крестильное, а монашеское. В отличие от Иванов, Петров или Сидоров, Филарет не образован от имени святого, которое давали при крещении. Это имя из греческого «филаретос» — «любящий добродетель». В истории Церкви его носили несколько известных деятелей: патриарх Филарет (отец первого царя из династии Романовых) и митрополит Московский Филарет (Дроздов). Но фамилия пошла не от них напрямую, а от того, что в народе так могли прозвать человека, принявшего постриг с этим именем, или, что вероятнее, священника, носившего это имя в миру.

Словообразовательная модель здесь простая, но нестандартная. Фамилия бессуффиксная: она совпадает с самим именем, без добавления -ов, -ин или -ский. Такое оформление — признак позднего происхождения или искусственного закрепления. Чаще всего фамилии-тёзки встречались у духовенства, где была мода на «благозвучные» греческие имена без крестьянских суффиксов. Если бы фамилия возникла естественным путём в крестьянской или мещанской среде, мы бы увидели Филаретов или Филаретовский. Но Филарет — это либо прямая фиксация имени в документах (например, в ревизских сказках могли записать «Иван Филарет» без отчества), либо фамилия, данная в семинарии.

География бытования фамилии крайне узкая. По данным современных телефонных справочников и баз, Филареты — это буквально единичные семьи, сосредоточенные в основном в центральной России и на юге Украины. Встречается она и в среде старообрядцев, где имя Филарет почиталось благодаря святому Филарету Милостивому. В этом контексте фамилия могла закрепиться как прозвище за человеком необычайно добрым или щедрым — своего рода народная характеристика, перешедшая в наследственное имя.

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию пытаются связать с румынским словом «filaret» (филарет — вид шёлка), но это натяжка: румынское заимствование в русском языке не зафиксировано, а фамилия явно восходит к личному имени. Более правдоподобно, что в редких случаях Филарет могло быть уличным прозвищем для человека, который постоянно повторял «Филарет» в молитве или был прихожанином храма, освящённого в честь этого святого. Но основная версия — церковное происхождение: либо священническая династия, либо семинарская фамилия, данная за успехи в учёбе или за благонравие.