Фамилия Филарин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени, а не от церковного календаря.

Наиболее правдоподобная версия связывает её с греческим словом φυλάριον (филарион) — «небольшой сосуд для хранения, коробочка» или, в более широком смысле, «хранилище». В этом случае прозвище Филара могли дать человеку бережливому, аккуратному или, напротив, тому, кто работал с тарой — бондарю, коробейнику. Модель образования проста: к основе «Филар-» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «сын Филары». Таким образом, Филарин буквально значит «принадлежащий Филаре», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятна, но возможна версия от имени Филарет (греч. φιλάρετος — «любящий добродетель»). В народном произношении имя могло сократиться до Филара, а затем фамилия потеряла конечный -ет. Однако полных аналогов такой трансформации в русской ономастике немного, поэтому эта гипотеза слабее. Если бы фамилия происходила напрямую от Филарета, мы бы чаще встречали форму Филаретов или Филаретовский.

Суффикс -ин в фамилии Филарин указывает на её севернорусское или поволжское происхождение — именно в этих регионах притяжательные фамилии на -ин особенно распространены. В южнорусских и украинских землях на месте -ин чаще стоял бы суффикс -енко или -ук.

Сведений о географическом распространении фамилии в открытых источниках мало, что подтверждает её редкость. Встретить её можно скорее в центральных и северных областях России, чем на юге. Сословная принадлежность предков неясна: прозвище Филара мог носить и крестьянин, и ремесленник, и даже священник (если оно восходит к имени Филарет).