Фамилия Филионов — редкий пример того, как простое на первый взгляд имя‑основа таит в себе неожиданный поворот. Если бы вы строили фамилию по самой ходовой модели, то от имени Филипп получили бы Филиппов. Но здесь мы видим Филионов, и это сразу подсказка: корень не Филипп, а Филион.

В основе фамилии лежит имя Филон. Это краткая, обиходная форма от полного имени Филимон (греч. «любящий, милый»). В русской деревне полные имена резали на слух: Филимон превращался в Филю, а от него — в Филон. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Филонов сын, то есть потомок человека по имени Филон.

Но есть и вторая версия, менее распространённая, но обоснованная. В некоторых говорах «филон» — диалектное прозвище лентяя, бездельника (от глагола «филонить»). В словаре Владимира Даля это слово зафиксировано именно в таком значении. Поэтому нельзя исключать, что Филионов мог возникнуть и от прозвища, данного нерадивому работнику. Однако в ономастике принято считать, что подавляющее большинство фамилий на -ов образовано от крестильных имён, а прозвищный вариант — вторичный и более редкий.

Интересно, что фамилия Филионов встречается заметно реже, чем Филонов. С точки зрения словообразования разница только в букве, но исторически это два разных рода: Филонов прямо от имени Филон, а Филионов — от его же варианта с интерфиксом -и- (Филон → Филион), что характерно для некоторых южнорусских и украинских говоров. В современных справочниках фамилия Филионов числится как русская, но с отчётливым «южным акцентом» — её чаще фиксируют в Курской, Белгородской и Воронежской областях.

Социальный состав носителей был пёстрым: в ревизских сказках XVIII–XIX веков Филионовы попадаются и среди государственных крестьян, и среди однодворцев (особый слой юга России, потомки пограничной стражи). Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет — это фамилия простого люда, что не делает её менее ценной для истории.