Фамилия Филистенко — один из ярких примеров того, как на южных и восточных землях Российской империи переиначивали греческие христианские имена. В основе лежит имя Филист, которое представляет собой народную, упрощённую форму канонического имени Филипп. В греческом оригинале Φίλιππος означает «любящий коней» (φιλέω — любить, ἵππος — конь). Однако в бытовой речи, особенно в среде украинского и белорусского крестьянства, сложное сочетание звуков редуцировалось: Филипп — Филип — Филист. Появление звука «т» на конце — результат так называемого вставного [т] между сонорным [л] и губным [п], явление, известное в восточнославянской диалектной фонетике.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический показатель, означающий «сын», «потомок» или «принадлежащий к роду». Таким образом, Филистенко — это «сын Филиста», то есть потомок человека, которого в быту звали упрощённым именем Филист. Такая модель образования фамилий была особенно распространена в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в южных регионах России, куда в XVII–XVIII веках переселялись казаки и крестьяне. Фамилия могла возникнуть как в среде казацкой старшины, так и среди простых ремесленников или земледельцев.

Интересно, что фамилия Филистенко довольно редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов, что говорит о её преимущественно крестьянском или мещанском происхождении. Встречаются также варианты с другими суффиксами, например, Филистов или Филистович, но -енко однозначно указывает на украинский ареал бытования. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Филипенко и Филиппенко гораздо распространённее, а Филистенко — более локальный, «сузившийся» вариант, который сохранился в отдельных сёлах или хуторах.

Поскольку имя Филипп было очень популярно в православной среде, предки современных Филистенко могли быть кем угодно: от простого пахаря до священника. Но сама фамилия не несёт сословной окраски — она лишь фиксирует, что родоначальника звали Филистом, а его дети и внуки стали Филистенками. Со временем в документах написание могло меняться: в метрических книгах встречается как Филистенко, так и Филистенков, но современная норма закрепила первый вариант.