Фамилия Филитовы образована от крестильного имени Филит, которое восходит к древнегреческому слову philētos — «любимый». Это имя попало в славянский именослов через церковную традицию, и фамилия, вопреки распространённому мнению, скорее всего, имеет не украинское, а общерусское или южнорусское происхождение. Суффикс -ов указывает на типичную модель отчества: Филитов — сын Филита. Такая схема была самой массовой в XV–XVII веках, когда фамилии закреплялись у служилых людей, крестьян и посадских.

Святым покровителем имени был мученик Филит, живший во II веке. Он занимал высокий пост при дворе императора Адриана, гонителя христиан. За открытое исповедание веры Филит вместе с женой Лидией и сыновьями Македоном и Феопрепием предстал перед судом. По приказу императора семью отправили в Иллирию к военачальнику Амфилохию для истязаний. В темнице к мученикам присоединился уверовавший начальник тюрьмы Кронид. Ночью им явился Ангел и укрепил их. Филит с семьёй перенёс все пытки и остался жив, а его мучители сами обратились в христианство. Память святого отмечается 5 апреля (23 марта по старому стилю).

Имя Филит в русской традиции встречалось редко, поэтому и фамилия Филитовы не принадлежит к числу частотных. В отличие от фамилий от имён Иван, Пётр или Павел, она сохранила редкую основу. Возможно, часть носителей фамилии происходит не от прямого имени Филит, а от его просторечных форм — Филат, Филет. В этом случае фамилия могла смешиваться с однокоренной Филатов, которая встречается значительно чаще. Но написание через «и» указывает на книжное, церковное происхождение имени, а не на народную переделку.

Активное формирование фамилий у славян началось в XIV веке, но окончательно они закрепились лишь к XVII–XVIII столетиям. Фамилия Филитовы, как и большинство отчеств, фиксировалась постепенно: сначала как прозвище или отчество в документах, затем как наследственное имя. Точное место и время возникновения конкретной ветви рода можно установить только через глубокие генеалогические изыскания — архивные записи, ревизские сказки, метрические книги.

Фамилия Филитовы — памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила имя, которое почти вышло из обихода, и через него — память о раннехристианском мученике. Для носителей фамилии это редкая возможность проследить связь с древним именником, который в повседневной речи давно утрачен.