Фамилия Фильковский восходит к церковному мужскому имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». Это имя имеет ряд производных разговорных форм, одна из которых — Филька — и легла в основу данной фамилии. Скорее всего, основатель рода Фильковских был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филька, со временем получил фамилию Фильковский.