Фамилия Филонидова — женская форма от Филонидов, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Филонид. Это редкий случай, когда в основе лежит не каноническое крестильное имя, а его греческая производная форма с суффиксом -ид. Полное греческое имя Филон (Philon) означало «любящий», «дружелюбный», но в русской традиции прижилось в уменьшительно-ласкательном варианте Филонид — примерно как «маленький Филон» или «сын Филона». Такой способ словообразования (с суффиксом -ид) встречается в основном у греческих имен, перешедших в русский обиход через святцы, но Филонид — имя нераспространённое, почти забытое.

Поскольку фамилия оканчивается на -ов, она принадлежит к самому массовому типу русских фамилий, но сама основа редкая. Если бы предок носителя фамилии жил в центральной России, его могли бы записать просто Филоновым, но суффикс -ид указывает на более книжное, возможно, церковное происхождение. Не исключено, что первый носитель имени Филонид был либо священнослужителем (в семинариях любили давать «учёные» греческие имена), либо выходцем из южнорусских или украинских земель, где греческие формы встречались чаще. В любом случае, фамилия Филонидова — не про профессию и не про прозвище, а про личное имя, которое когда-то выделяло человека среди однофамильцев.

С точки зрения географии, фамилия крайне редкая. В дореволюционных метриках она встречается точечно — в основном в Воронежской и Курской губерниях, что косвенно подтверждает версию о южном следе. В современных базах данных носителей Филонидовых немного, и они разбросаны по разным регионам, что типично для фамилий, утративших локальную привязку. Основной вывод для ищущего: ваши предки, скорее всего, не были крестьянами-землепашцами в глухой деревне, а имели отношение к церковной среде или к грамотному сословию — иначе имя Филонид просто не прижилось бы в роду.