Фамилия Филонис — редкая, и её происхождение почти наверняка не русское. В славянской ономастике она не вписывается в типичные модели: нет суффиксов -ов, -ин, -ский, -ич. Основа Филонис выглядит как греческая или греко-латинская, и логичнее всего искать её корни в личном имени Филон (от греч. phileo — «любить»). Филон — распространённое имя в Византии и у греков, а латинизированная форма Филонис могла закрепиться у греков-понтийцев или у греческого духовенства.

Скорее всего, фамилия имеет греческое происхождение и попала в русский контекст через миграцию. В Российской империи греческие фамилии на -ис, -ас, -ос нередко встречались среди купцов, моряков или священников (например, выходцы с Понта или из греческих колоний в Крыму). Форма Филонис могла возникнуть как притяжательное от имени Филон с греческим суффиксом -ис, указывающим на родство: «сын Филона» или «принадлежащий Филону». Альтернативная, но менее вероятная гипотеза — связь с греческим словом «филони» (φιλονίκη) — «любовь к победе», но в фамилии это не прослеживается.

В русском языке фамилия сохранила своё греческое звучание, не адаптировавшись под славянские суффиксы, что указывает на позднее появление или на сознательное сохранение носителями своего этнического корня. Географически Филонис сегодня встречается в основном в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область) и на Украине, где исторически были греческие общины. О сословной принадлежности предков сказать сложно: это могли быть как торговцы, так и священники, но точных данных нет. Фамилия остаётся редкой, и её носители — почти наверняка потомки греческих переселенцев XIX — начала XX века.