Основой фамилии Филюгина послужило имя Филюга. Имя Филюга, вероятно, является производной формой одного из мужских крестильных имен: Филипп (в переводе с древнегреческого – «любитель лошадей»), Филимон (греческое, «любимый»), Филарет (греческое, «любящий добродетель»), Феофил (греческое, «любимец Бога») или Памфил (греческое, «всеми любимый»). Скорее всего, основатель рода Филюгиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филюга, со временем получил фамилию Филюгина.