Фамилия Филюгина образована от личного имени Филюга — так в старину могли в быту называть человека, носившего одно из крестильных имён. Чаще всего за этим прозвищем стоит имя Филипп, которое с древнегреческого переводится как «любитель лошадей». Но круг возможных первоисточников шире: Филюгой могли окликнуть и Филимона («любимый»), и Филарета («любящий добродетель»), и Феофила («любимец Бога»), и даже Памфила («всеми любимый»). Все эти имена объединяет общий корень «фил-», означающий любовь, поэтому неудивительно, что в народной речи они слились в одну уменьшительную форму.

Сама модель фамилии проста и характерна для русского Севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Филюгина буквально значит «дочь или жена Филюги», а сам Филюга — это глава семьи. Такие фамилии обычно закреплялись за крестьянскими и посадскими родами, где отчество, построенное от обиходного прозвища, постепенно переходило к детям и внукам. Скорее всего, основатель рода Филюгиных был человеком простого звания, и его домашнее имя, данное в честь святого покровителя, со временем стало родовым знаком.

Интересно, что фамилия сохранила живую разговорную форму имени, а не книжную, церковную. Если бы предок носил официальное имя Филипп, фамилия звучала бы как Филиппов или Филипович. Выбор в пользу Филюги выдает среду, где людей называли не по святцам, а по-домашнему, коротко и тепло. В документах XVIII–XIX веков такие формы встречаются повсеместно, но именно Филюгины закрепили за собой этот вариант, что делает фамилию редкой и узнаваемой.

Отдельно стоит сказать о написании. Встречается и мужская форма Филюгин, и женская Филюгина — различие только в окончании, по роду носителя. Ударение обычно падает на второй слог, на «ю», хотя в некоторых говорах допустимо смещение. Сама фамилия не имеет отношения к слову «филин» или «филюга» в значении «простак» — такие версии возникают из-за созвучия, но ономастика уверенно связывает её с крестильными именами на «фил-».