Фамилия Фоняков напрямую отвечает на вопрос, откуда она взялась: это типичная русская «фамилия-отчество», образованная от домашней формы крестильного имени. В основе лежит имя Фоня, которое в старину служило сокращением сразу для двух греческих по происхождению имен — Афанасий и Агафон. Первое переводится как «бессмертие», второе — как «добро, благо». Поскольку обе формы звучали одинаково, фамилия могла закрепиться за потомками как того, так и другого человека, и сегодня уже невозможно установить, какой именно вариант был исходным для конкретной семьи. Правдоподобнее выглядит связка с Афанасием: имя было заметно более частым, чем Агафон, поэтому и его уменьшительная форма встречалась в обиходе чаще.

Обратите внимание на суффикс -ов: в русской традиции он указывает на принадлежность, то есть первоначально Фоняков означал «сын Фони». Модель типична для XVI–XVII веков, когда крестьянские и посадские фамилии массово образовывались именно от разговорных вариантов имен, а не от полных канонических форм. Аналогичным образом возникли, скажем, Афоняев и Агафонов — но Фоняков стоит особняком, потому что в его основе лежит усеченная форма, которая не сохранилась в современном именослове как самостоятельное имя.

Историческое бытование фамилии прослеживается по документам. В Книге памяти Иркутской области упоминается Фоняков Олег Антонович, инженер геолого-разведочного управления треста «Лензолото», родившийся в 1899 году в Луганске. Сама запись показательна: к началу XX века фамилия уже не была привязана к одному региону, а ее носители встречались и в Восточной Сибири, и на юге Российской империи. Это лишний раз подтверждает, что фамилия формировалась независимо в разных местах — везде, где жили люди по имени Фоня.