Фамилия Фоняков восходит к крестильному мужскому имени Афанасий, которое в переводе с греческого языка означает «бессмертие». В основе данной фамилии лежит производная форма этого имени - Фоня. По другой версии, имя Фоня – это вариант имени Агафон, означающего в переводе с греческого языка «добро, благо». Таким образом, потомок человека, которого звали Фоня, со временем получил фамилию Фоняков. Так, в Книге памяти Иркутской области упоминается инженер геолого-разведочного управления треста «Лензолото» Фоняков Олег Антонович, родившийся в 1899 году в городе Луганск Днепропетровской области.