Фамилия Габараева происходит от прозвища Габара, и её основа — не имя, а слово с конкретным бытовым значением. Самая вероятная версия связывает прозвище с карачаево-балкарским словом, обозначавшим жилет. Такие жилеты шили из хорошо обработанной кожи, сафьяна или плотной ткани на подкладке. Особенно они были распространены в селениях Балкарского ущелья Балкарии. Если это так, то прозвище Габара относится к «профессиональным» именованиям: родоначальник фамилии мог быть портным или мастером по изготовлению такой одежды.

Существует и другая, менее правдоподобная версия. В словаре Даля «габара» — это плоскодонное морское судно, вышедшее из употребления, разной величины. Если принять эту версию, прозвище мог получить моряк или судостроитель. Однако для горских регионов Кавказа, откуда, скорее всего, родом Габараевы, морская лексика нехарактерна, поэтому балкарская версия выглядит убедительнее.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Габара добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Габараев). Женская форма Габараева — это не особая фамилия, а грамматическое изменение той же фамилии у женщин. Потомок человека с прозвищем Габара со временем стал Габараевым. Точное время и место возникновения фамилии можно установить только в ходе серьёзных генеалогических изысканий, но её основа отчетливо указывает на ремесленный или, реже, морской след в истории семьи.