Фамилия Габатаев — одна из тех, где за основой стоит не имя, а наглядное прозвище, связанное с бытом и ремеслом. Чаще всего её возводят к осетинскому или балкарскому слову «габат» (в других говорах «гыбыт»), что означает «бурдюк». Так называли кожаный мешок из цельной шкуры козы, лошади или овцы — незаменимую вещь для хранения вина, кумыса и других жидкостей в хозяйстве народов Кавказа, Востока, Сибири и Средней Азии. Человек, получивший прозвище Габата, скорее всего, сам изготавливал такие бурдюки или торговал ими — это профессиональное именование, которое закрепилось за родом. Фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе Габата добавили суффикс -ев, указав на принадлежность потомков этому человеку («чей?» — Габатаев).

Есть и вторая, менее распространённая версия: от арабского «габат» — «лес». Если принять её, то прозвище могло указывать на место жительства предка, который родился или жил в лесной местности. Однако первое толкование выглядит убедительнее: связь с конкретным предметом быта и ремеслом даёт более ясное объяснение, почему прозвище закрепилось за человеком. В любом случае, фамилия Габатаев — редкий пример, когда в основе лежит не имя, а слово из тюркских или кавказских языков, что подчёркивает региональные корни рода.