Фамилия Габелкин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -кин. В русской ономастике суффикс -ин (с фонетическим вариантом -кин после заднеязычных) указывает на принадлежность: «чей?» — «Габелкин» значит «сын Габелки» или «человек из рода Габелки». Но вот сама основа «Габелк(а)» — это не каноническое русское имя и не очевидное прозвище. Здесь возможны два корня, и оба ведут в еврейскую среду, хотя и по разным причинам.

Наиболее вероятная версия: Габелкин — это вариант фамилии, образованной от мужского личного имени Габел. Имя Габел (встречается также как Габэл, Габбель) — это идишская или немецкая форма библейского имени Гавриил (в русской традиции — Гавриил, в еврейской — Габриэль). В местечках черты оседлости (на территории современной Украины, Белоруссии, Польши) имя Гавриил сокращали до Габриэль, а в бытовой речи — до Габел. От него при помощи славянского патронимического суффикса -ин (который активно заимствовали еврейские фамилии в Российской империи) и образовали фамилию Габелкин. Суффикс -к- в середине («Габелк-а») — это уменьшительно-ласкательный формант, типичный для восточнославянских прозвищ и фамилий: Габел → Габелка (маленький Габел, сын Габела) → Габелкин.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — связь с немецким или идишским словом Gabel (вилка). В таком случае прозвище Габелка мог получить либо человек, торговавший вилками, либо мастер по их изготовлению, либо, в переносном смысле, человек с характерной походкой (ноги «вилкой») или внешностью. Однако для еврейских фамилий Восточной Европы прозвища от названий инструментов встречаются реже, чем патронимы, и обычно имеют более прозрачную форму (Габель, Габельман). Форма на -кин с уменьшительным -к- для ремесленного прозвища нехарактерна: если бы предок работал с вилками, фамилия скорее звучала бы как Габель или Габелев.

Географически фамилия Габелкин встречается в основном в записях конца XIX — начала XX века на территории Подольской, Киевской и Волынской губерний, а также в Бессарабии. Это как раз регионы, где еврейское население активно получало фамилии, образованные от библейских имён через славянские суффиксы. По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были мещанами или купцами, реже — ремесленниками.

Таким образом, Габелкин — фамилия, скорее всего, еврейского происхождения, патронимическая по модели образования, восходящая к имени Габел (Гавриил). Уменьшительный суффикс -к- в основе указывает на то, что фамилия закрепилась в бытовой, «домашней» форме, что типично для фамилий, возникших в местечковой среде в XIX веке.