Фамилия Гагара — один из тех случаев, когда прозвище прямо указывало на внешность человека. В её основе лежит нарицательное «гагара» — крупная водяная птица, обычно чёрного цвета. Поэтому Гагарой в народе называли смуглого или черноволосого человека. Прозвище давали по цвету волос или кожи, сравнивая с оперением птицы.

Слово «гагара» известно в русских говорах и в переносном смысле: так могли назвать человека с пронзительным, резким голосом, напоминающим крик этой птицы. Однако основная версия связана именно с внешним сходством.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: прозвище Гагара перешло в фамилию без добавления суффикса, то есть путём «застывания» прозвища. Такие фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции. В северных и центральных областях России чаще встречаются формы с суффиксами — Гагарин, Гагаров, но сама фамилия Гагара сохранилась в чистом виде.

Интересно, что фамилия Гагара встречается реже, чем однокоренная Гагарин, ставшая знаменитой благодаря космонавту. Но если Гагарины — это потомки человека по прозвищу Гагара, то носители фамилии Гагара — прямые наследники того самого прозвища, которое не успело обрасти суффиксом.

Встречается фамилия в основном на юге России, в Беларуси и на востоке Украины. В некоторых случаях нельзя исключать и связь с названием птицы в ином значении: в диалектах «гагарой» называли также болтливого или крикливого человека.