Фамилия Гагаркина — женская форма, а мужская, Гагаркин, образована с помощью типичного русского суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Гагаркин буквально значит «сын Гагарки» или «человек из рода Гагарки». Основа здесь — прозвище Гагарка.

Слово «гагарка» в русских говорах имело два основных значения. Первое — птица семейства чистиковых, морская обитательница северных побережий. Второе, более вероятное для прозвища, — переносное: так в некоторых областях называли человека с длинной шеей или худощавого, напоминающего эту птицу силуэтом. Встречалось и другое значение — «гагара», то есть человек, издающий гортанные, резкие звуки, или просто болтун, крикун. Оба варианта — типичные для русской ономастики прозвища по внешнему признаку или манере поведения.

Фамилия относительно редкая. Её ареал тяготеет к северным и центральным регионам России — там, где слово «гагарка» было в ходу и где водилась сама птица. Встречается в старых писцовых книгах и переписях Новгородской, Вологодской, Архангельской губерний.

Интересная деталь: фамилия Гагаркин не имеет прямого отношения к фамилии космонавта Юрия Гагарина. Несмотря на внешнее сходство, Гагарин образован от другого слова — «гагара» (водоплавающая птица) или от древнерусского имени Гагара. А «гагарка» — это иная лексема, и фамилии на -ин от неё формировались по той же модели, что и, скажем, Уткин или Воробьин. То есть перед нами не вариант «гагаринской» фамилии, а самостоятельное родовое имя, возникшее в крестьянской или посадской среде.

Сословно носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для «птичьих» прозвищных фамилий — они редко попадали в гербовники, зато плотно оседали в сельских общинах.