Фамилия Гагаркины — один из вариантов русской фамилии, образованной по стандартной модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Гагаркин буквально означает «сын Гагарки» или «человек из рода Гагарки». В основе лежит прозвище Гагарка, а оно, в свою очередь, восходит к названию птицы — гагары, крупной водоплавающей птицы с характерным чёрным оперением.

Прозвище Гагарка в старину давали не только за внешнее сходство. Если человек был смуглым, его могли прозвать по цвету птицы. Но было и другое значение: крик гагары напоминает хохот, поэтому Гагаркой нередко называли весельчака и хохотуна. Так что предки современных Гагаркиных могли быть либо темноволосыми, либо известными балагурами.

Любопытно, что в русской истории известны князья Гагарины — одна из ветвей Рюриковичей. С. Веселовский в своих трудах упоминает князя Михаила Ивановича Гагару Голибесовского-Стародубского (первая половина XV века). Именно от его прозвища Гагара пошла фамилия Гагарины. Фамилия Гагаркины же — более «демократичный» вариант, образованный от той же основы, но с уменьшительным суффиксом -к-, который в прозвищах часто не столько уменьшал, сколько указывал на конкретного человека. То есть Гагарка — это просто «тот, кого прозвали Гагарой».

Точное место и время возникновения фамилии Гагаркин определить сложно: фамилии у крестьян и посадских людей в центральной России закреплялись в основном в XVII–XVIII веках, а на окраинах — ещё позже. Но ясно одно: Гагаркины — не единственные «птичьи» однофамильцы. В русском ономастиконе есть и Гагарины, и Гагаровы, и Гагаркины, и все они восходят к одному корню, но расходятся в суффиксах, указывая на разные ветви рода или разные эпохи формирования фамилии.