Фамилия Галиматья — редкий случай, когда в основе фамилии лежит слово с яркой экспрессивной окраской. В русском языке «галиматья» означает бессмыслицу, вздор, чепуху. Однако напрямую выводить фамилию из этого значения было бы неверно: вряд ли предка могли прозвать «бессмыслицей». Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, которое закрепилось за человеком с необычной, странной речью или поведением. В диалектах и просторечии слово «галиматья» могло относиться к путаному рассказчику, шутнику или человеку, который говорит невпопад.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Фамилия Галиматья — это субстантивированное существительное, то есть фамилия совпадает с нарицательным словом без добавления типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такие фамилии встречаются реже, чем патронимические, и часто указывают на то, что прозвище было дано в готовой форме, без переосмысления через отчество. По сути, это «застывшее» прозвище, которое стало фамилией одного из потомков.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: фамилия могла возникнуть из искажённого иностранного корня. Например, от французского galimatias (путаница, вздор) — слово, которое попало в русский язык через литературу XVIII–XIX веков. В этом случае фамилию мог получить человек, имевший отношение к учёности или книжности, возможно, семинарист или учитель, которого в шутку называли «ходячей галиматьёй». Однако документальных подтверждений этой версии нет, и она уступает по правдоподобию версии с исконно русским прозвищем.

География фамилии практически не изучена: Галиматья — чрезвычайно редкая фамилия, не входящая в списки распространённых русских фамилий. Встречается единичными случаями, преимущественно в центральных регионах России. Из-за редкости фамилия не попала в классические ономастические словари (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова), что затрудняет её точную датировку. Можно предположить, что она возникла не ранее XVIII века, когда прозвища с яркой негативной или шутливой окраской стали закрепляться в качестве фамилий у крестьян и мещан.

Примечательно, что фамилия не склоняется по мужскому роду как типичные русские фамилии: «Иван Галиматья», «у Петра Галиматьи». Это дополнительно подчёркивает её нестандартное происхождение — она сохранила форму нарицательного существительного женского рода, что для русских фамилий редкость.