Фамилия Гамалия — один из ярких примеров, где история рода и этимология прозвища расходятся в разные стороны. В первую очередь, это старинный казацко-старшинский род, чьи представители в разное время были сотниками, полковниками и даже наказными гетманами. Род берет начало с реестрового казака черкасской сотни Михаила, который в 1662 году стал черкасским полковником. Его сын Григорий Михайлович был лубенским полковником, а с 1669 года у гетмана Петра Дорошенко — паволоцким полковником, затем генеральным есаулом и наказным гетманом. Другой сын, Андрей Михайлович, был лохвицким сотником, а затем генеральным есаулом. Его сын Михаил Андреевич — выдающийся военный деятель, генеральный есаул, за связи с гетманом Иваном Мазепой отбывал принудительную ссылку в Москве. Другой сын, Антон Андреевич, за поддержку Мазепы попал в ссылку в Сибирь. В реестре казацких старшин 1744 года упоминаются бунчуковые товарищи Федор, Александр и Иосиф Гамалии (бунчук — высшее служебное лицо гетманской администрации, выполнявшее административные, дипломатические и судебные поручения). Во время избрания в 1750 году Кирилла Разумовского гетманом в списке участников торжеств значатся бунчуковые товарищи Андрей, Иван и Григорий Гамалии.

При таком плотном казацком следе сама фамилия имеет, скорее всего, тюркское происхождение. Самая вероятная версия возводит ее к турецкому слову hamal — «носильщик». Вполне вероятно, что родоначальник фамилии занимался переноской чего-либо, и это прозвище закрепилось за ним, а затем перешло к потомкам. Согласно другой гипотезе, фамилия восходит к арабскому мужскому имени Гамал (фонетические варианты — Джамал, Джамаль), что означает «красота». В любом случае, суффикс -ия (характерный для украинской ономастики) указывает на то, что фамилия сформировалась в украинской среде, а ее носители, как видно из истории, принадлежали к военной и административной элите Гетманщины.