Фамилия Гандеева — один из тех случаев, когда в основе лежит женское имя, что бывает реже, чем образование от мужских прозвищ. Исходная форма — украинское имя Гандзя, народный вариант канонического имени Анна. Анна восходит к библейскому имени Хана (חַנָּה), которое с древнееврейского переводится как «грациозная», «миловидная» или «благодать». Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Гандзи», то есть женщины, которую в семье называли этим ласкательным именем.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе Гандзе- (в украинском произношении с мягким [д͡з']) добавляется суффикс принадлежности -ев, указывающий на родство. Фонетически украинский звук [д͡з'] передаётся в русском написании как «дз», но в фамилии закрепилась форма через «д» — Гандеева, без аффрикаты. Это говорит о том, что фамилия могла оформляться уже в русской языковой среде или под влиянием письменной традиции, где мягкое «д» передавали буквой «д» без дополнительных знаков.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам: её чаще встречали на территории бывшей Слобожанщины, в Курской, Воронежской губерниях, а также на Дону. Мужской вариант — Гандеев — в некоторых говорах мог произноситься с ударением на второй слог, что характерно для украинского влияния.

В ономастике есть и альтернативная версия: связь с прозвищем Гандя от глагола «гандеть» (говорить в нос, гнусавить). Но она менее убедительна, так как прозвища с таким корнем редки и не образуют устойчивого фамильного гнезда. Основная версия — от имени Гандзя — подтверждается параллелями в других славянских фамилиях: Ганзеев, Ганзюк, Гандилян (в армянской среде через посредничество).

Фамилия не принадлежала к дворянским родам — её носители, судя по архивным данным XIX века, были крестьянами и мещанами. Точное место и время возникновения рода можно установить только через генеалогические изыскания: метрические книги, ревизские сказки и исповедные ведомости тех уездов, где фамилия фиксируется с середины XVIII века.