Фамилия Ганьковские — это типичный пример «топонимической» фамилии, то есть образованной от названия местности. В основе лежит название деревни или села Ганьково. Таких населенных пунктов в России несколько, например, в Ленинградской области. Предок, получивший эту фамилию, скорее всего, был выходцем или владельцем одного из таких селений.

Само название Ганьково, в свою очередь, произошло от имени Ганька — просторечной, обиходной формы крестильного имени Гавриил. В переводе с древнееврейского Гавриил означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Таким образом, цепочка выглядит так: церковное имя Гавриил → его народная форма Ганька → название деревни Ганьково → фамилия Ганьковский (или Ганьковские во множественном числе, обозначающем род).

Суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту или владение им. Модель «название села + -ский» была особенно популярна в среде польской и западнорусской шляхты, а также у духовенства. Поэтому фамилия Ганьковские, скорее всего, имеет польские или белорусские корни, откуда распространилась на восток. О точном времени возникновения фамилии говорить сложно, но процесс её закрепления пришелся на XVI–XVII века, когда фамилии на -ский стали массово оформляться у дворянства и духовенства.