Фамилия Ганжуга — одна из тех, что сразу привлекает внимание необычным звучанием и непривычным для русского уха финалом. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, она заканчивается на -уга. Этот суффикс — верный указатель на украинское или белорусское происхождение. В восточнославянской ономастике -уга часто служило для образования прозвищ, придавая слову оттенок грубоватости или увеличительности.

Основа фамилии — «ганж». Самое прямое объяснение отсылает к диалектному украинскому слову «ганжа», которое означало «ссора», «вражда», «склока». Соответственно, Ганжуга — это прозвище сварливого, неуживчивого человека, любителя покричать и затеять ссору. Подобная модель словообразования — отвлечённое понятие превращается в характеристику человека — очень типична для прозвищ: вспомните фамилии типа Заноза, Беда или Сварга.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «ганжа» могло означать «крюк», «багор» или нечто изогнутое. В этом случае прозвище Ганжуга мог получить человек с характерной внешностью — сутулый, горбатый или с кривым носом. Однако эта версия слабее: значения «крюк» для слова «ганжа» не зафиксировано в основных словарях украинского языка, в отличие от значения «ссора».

Интересно, что фамилия Ганжуга почти не встречается в центральной России, зато компактно бытует на территории исторической Полтавщины и Черниговщины. Это подтверждает её украинские корни и позволяет предположить, что предки носителей фамилии были не дворянами, а казаками или крестьянами, получившими своё прозвище за крутой нрав.

В написании фамилии возможна вариативность: изредка встречается вариант Ганжуга с ударением на первый слог, хотя нормативным считается ударение на второй — Ганжу́га. В любом случае, это редкая и выразительная фамилия, которая прямо говорит о характере своего первого носителя.