Фамилия Ганжуева образована от мужского имени или прозвища Ганжуй. В основе, скорее всего, лежит тюркское слово «ганж» — «сокровище, клад, богатство». В таком случае Ганжуем могли назвать зажиточного человека, купца или того, кому приписывали обладание скрытыми ценностями. Версия с калмыцким «һанз» (одинокий, один) менее вероятна для фамилии с таким ареалом, хотя и не исключена: прозвище Одинец давали единственному сыну или замкнутому человеку.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Ганжуев, то есть сын, потомок Ганжуя. По модели это типичная русская фамилия, но с нерусской основой. Такие фамилии чаще всего встречаются в регионах, где русские соседствовали с тюркскими или монгольскими народами: Нижнее Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ, а также в казачьих областях. В советских телефонных справочниках и базах данных фамилия фиксируется в Волгоградской, Ростовской областях, в Калмыкии и Ставрополье.

Форма Ганжуева — женская, мужской вариант — Ганжуев. Ударение, судя по произносительной традиции фамилий с таким окончанием, падает на второй слог: Ганжýев. Встречается также написание с буквой «о» в первом слоге — Гонжуев, что может быть следствием аканья в устной речи при записи фамилии в документах.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: Ганжуевы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или в списках столбового дворянства нет.