Фамилия Ганжуро звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её корни ведут на юг — скорее всего, на украинские или белорусские земли, а возможно, и дальше, в молдавскую или румынскую языковую среду. В русском языке фамилии с окончанием на -о обычно имеют украинское или белорусское происхождение, и «Ганжуро» здесь не исключение. Основа фамилии — прозвище Ганжура, которое могло возникнуть из диалектного слова «ганжа» или «ганж». В южнорусских и украинских говорах «ганжа» означала нечто вроде «петля», «крюк» или даже «кривой сук» — так могли прозвать человека с изогнутой осанкой, хромого или просто неуклюжего. Есть и другая версия: в некоторых регионах «ганжурой» называли сварливого, вздорного человека, того, кто постоянно «цепляется» к другим, как крючок.

Менее вероятная, но возможная гипотеза связывает фамилию с тюркскими языками, где «ганж» или «канж» могло означать «меч» или «клинок». Однако для русской ономастики такая версия слаба: в фамилиях на -уро тюркские корни редки, и почти всегда они проходят через украинское посредничество. Гораздо правдоподобнее, что Ганжура — это вариант прозвища Ганжа, которое встречается в старых реестрах запорожских казаков. Суффикс -ур- в украинских фамилиях (как в «Мельничук» или «Ковальчук») встречается, но здесь он, скорее, часть корня, а не формант.

Интересно, что фамилия Ганжуро не имеет характерного русского суффикса -ов или -ин — это говорит о том, что она закрепилась в форме чистого прозвища, без дополнительной патронимической обработки. Такое типично для украинских фамилий, особенно для тех, что возникли в среде казачества или крестьянства Западной Украины, Подолья или Волыни. Носители фамилии могли быть ремесленниками, работавшими с металлом или деревом (от «крюка»), либо людьми с заметной внешностью или характером, за что и получили своё прозвище. В современных базах данных фамилия встречается редко, в основном на западе Украины и в приграничных областях России, что подтверждает её локальное происхождение.