Фамилия Ганжур — редкий пример, где за основу могло лечь не имя или ремесло, а географическое название. Скорее всего, прозвище Ганжур давали человеку, который пришёл из мест, связанных с древним городом Гянджа (в старых русских записях — Ганжа). Это второй по величине город современного Азербайджана, основанный ещё в VIII веке. Выходца оттуда могли назвать Ганжуром, а его потомки закрепили это прозвище как фамилию.

Есть и другая версия: в некоторых тюркских и кавказских говорах слово, близкое к «ганжур», означало «клад» или «сокровище». Тогда прозвище могло указывать на человека, который нашёл клад, либо на скопидома, бережливого хозяина. Какая из версий вернее — сказать трудно, но географическая привязка выглядит надёжнее: фамилия явно южного, причерноморского или прикаспийского корня.

Сама модель образования проста: суффикс нулевой, фамилия застыла в форме прозвища без типичных русских окончаний -ов или -ин. Это говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где русский язык соседствовал с тюркскими или кавказскими языками, а письменная фиксация произошла поздно. Носители фамилии Ганжур встречаются в южных регионах России, на Кубани и в Ставрополье — как раз в тех краях, куда переселялись люди с Кавказа и Закавказья.