Фамилия Гапонцева восходит к украинскому варианту мужского имени Агафон — Гапон. Несмотря на это, в некоторых северных говорах Агафонами называли простаков. Пушкин, интересовавшийся русскими именами, в примечании к «Евгению Онегину» заметил: «Сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и проч., употребляются у нас только между простолюдинами». Тем не менее, гипотеза о происхождении фамилии Гапонцева от имени представляется более правдоподобной. Суффикс -ец также указывает на украинское происхождение фамилии Гапонцева. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Гапон, со временем получил фамилию Гапонцева.