Фамилия Гапонюка — яркий пример украинской модели фамилий, построенной на суффиксе -юк. Этот суффикс в украинской ономастике указывает на «сына» или «потомка», то есть фамилия изначально отвечала на вопрос «чей?» — сын Гапона. В русском языке аналогичную роль играет суффикс -ов/-ев, в белорусском — -еня, а в украинском -юк стал одним из самых распространённых, особенно на западе и в центральных областях Украины.

Основа фамилии — имя Гапон. Это народная, разговорная форма церковного имени Агапий (от греческого «агапе» — любовь). В украинском языке имя Агапий через смягчение и усечение превратилось в Гапон: звук «г» появился вместо «а» под влиянием южнорусских говоров, где начальное «а» часто переходило в «г» (сравните: Агафья — Гапка). Таким образом, Гапонюка — это «сын Гапона», то есть потомок человека, которого в крещении назвали Агапием.

Географически фамилия тяготеет к правобережной Украине — Волыни, Подолью, Житомирщине. В этих регионах суффикс -юк встречается особенно часто, и фамилия Гапонюка не выбивается из местной традиции. Встречается она и в соседних областях Беларуси, где украинское влияние исторически было сильным.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов, которые часто указывали на принадлежность помещику или боярину, украинские фамилии на -юк обычно возникали в среде свободных крестьян и казаков. Носитель фамилии Гапонюка в XVII—XVIII веках, скорее всего, был не крепостным, а казаком или мещанином, жившим на территории Речи Посполитой, а затем — Гетманщины. Фамилия не несёт сословного оттенка знатности, но и не указывает на зависимое положение — она просто фиксирует родство по отцу.

Возможна и редкая альтернативная версия: Гапоном могли прозвать человека с каким-то характерным признаком, связанным с именем Гапон (например, за любвеобильность, если отталкиваться от значения имени «любовь»). Но это уже домысел: в подавляющем большинстве случаев такие фамилии образовывались от крестильного имени, а не от прозвища.