Фамилия Гарганеев звучит необычно, и её редкость — первая подсказка для этимолога. В русской ономастике фамилии с таким финалом обычно указывают на тюркские или монгольские корни, адаптированные через русскую суффиксальную модель -еев. Основа «Гарган» в славянских языках не встречается, зато хорошо известна в тюркских: слово «гарган» (или «карган») в ряде тюркских наречий означает «старый», «дряхлый» или «почтенный старец». В татарском, башкирском и казахском языках есть родственные лексемы, которые могли стать прозвищем — например, «карга» (ворона) или «карган» (старик). Прозвище Гарган мог получить человек, который выглядел старше своих лет, или, напротив, уважаемый аксакал.

Суффикс -еев в фамилии Гарганеев — не самый частый для русских фамилий. Обычно мы видим -ов/-ев, но -еев появляется, если основа оканчивается на мягкий согласный или на -й. В данном случае произошла адаптация: тюркское «Гарган» при склонении дало форму «Гарганеева» (чей? — Гарганеев), а затем закрепилось в написании через -еев. Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ, которые не были крестильными именами. Интересно, что в русских говорах слово «гаргана» могло означать «горло» или «глотка» (от диалектного «гарганить» — громко кричать), но эта версия менее вероятна, так как фамилия Гарганеев не фиксируется в центральных областях России, где такой диалект был бы уместен.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения. В метрических книгах XIX века Гарганеевы встречаются среди крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Оренбургской губерний. Это не дворянская фамилия: она не попала в «Бархатную книгу» или родословные сборники. Предки носителя фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по прозвищу главы семьи. Интересно, что в части случаев фамилия могла писаться через «о» — Горганеев, что отражает акающее произношение, но в документах закрепился вариант с «а».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие параллели — Гарганов и Гаргин. Первая образована по более распространённой модели (-ов), вторая — через суффикс -ин от основы на мягкий согласный. Гарганеев стоит особняком: редкое сочетание корня и суффикса делает её почти уникальной. По данным современных телефонных справочников, носителей фамилии в России — не более нескольких десятков, и большинство живёт в Башкортостане и Татарстане. Это подтверждает версию о тюркском происхождении основы: фамилия осталась локальной, не разошлась широко по стране.