Фамилия Гарганов — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем прозвище. Она почти наверняка имеет северокавказские корни, а точнее — осетинские. Основа «Гарган» — это осетинское мужское имя Гарган, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому «карган» — «уважаемый», «почтенный». В осетинском языке это имя известно и в форме Гæргæн.

Модель образования фамилии нетипична для русских фамилий, но стандартна для осетинских, прошедших русификацию. Суффикс -ов в данном случае — не указание на принадлежность отцу (как в русском «сын Гаргана»), а адаптация осетинской фамилии к русской паспортной системе в XIX–XX веках. Осетины, получая документы, часто получали фамилии с русским окончанием, сохранив при этом исконную основу.

Встречается фамилия Гарганов и у армян, но там она, скорее всего, того же происхождения: через осетинское посредничество или как вариант фамилии Гарганян, где утерян армянский суффикс -ян. В русской среде фамилия крайне редка и сосредоточена в регионах Северного Кавказа и в среде потомков осетин, переселившихся в другие области.

Словообразовательный разбор прост: корень Гарган- и патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, на втором слоге — Гаргáнов, хотя в устной речи встречаются варианты. Носители фамилии — потомки человека по имени Гарган, который, судя по значению имени, пользовался авторитетом в своей общине.