Фамилия Гарнис — редкий пример, когда прозвище могло прийти в русский обиход из двух совершенно разных языков, и обе версии имеют право на существование.

Наиболее вероятная основа — литовское слово garnys («цапля»). Такое прозвище могли дать человеку с длинными ногами, худощавой фигурой или, возможно, с привычкой подолгу стоять неподвижно. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии с балтскими корнями встречаются в западных регионах России и Беларуси, где веками были сильны литовские и жемайтские влияния.

Вторая гипотеза отсылает к украинскому прилагательному гарний («красивый, приятный»). В этом случае прозвище Гарнис могло быть внутрисемейным, ласковым — так родители называли любимого ребёнка. Такие «домашние» прозвища нередко закреплялись в документах, когда крестьянам или мещанам нужно было дать официальную фамилию, и в ход шло то, что звучало привычно в быту.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована путём прямой транслитерации прозвища без добавления русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это характерно для фамилий, которые оформились сравнительно поздно или в среде, где не было строгой традиции русифицировать иноязычные корни. Такая «голая» основа нередко указывает на мещанское или крестьянское происхождение носителей.

Спор между двумя этимологиями решается географией: если предки происходили из западных губерний (Виленской, Ковенской, Гродненской) или из пограничья с Литвой, версия с цаплей убедительнее. Если же родня ведёт начало с украинских земель (Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина), логичнее видеть в основе «гарний».