Фамилия Гайдученев — редкий пример, где основа, суффикс и окончание складываются в неочевидную, но логичную картину. Если смотреть на неё впервые, кажется, что перед нами типичная фамилия на -ев, образованная от прозвища или имени. Но здесь работает другая модель: суффикс -енев указывает на происхождение от прозвища, которое уже имело суффикс -еня. Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Гайдученя → фамилия Гайдученев. То есть предка звали не Гайдук и не Гайдученко, а именно Гайдученя — уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма, типичная для южнорусских и украинских говоров.

Основа фамилии — «гайд-», которая восходит к слову «гайда» (крик, понукание) или напрямую к «гайдук». В XVII–XIX веках гайдуками называли не только повстанцев-ополченцев на Балканах и в Малороссии, но и наёмных слуг, выездных лакеев в богатых помещичьих домах. В русском языке слово «гайдук» закрепилось именно в значении «слуга, телохранитель» — такая должность была распространена в дворянских усадьбах. Прозвище Гайдученя мог получить либо сын гайдука, либо человек, который сам служил в этой должности, но с оттенком уменьшительности — возможно, молодой или невысокий ростом.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Воронежская, Ростовская области, Ставрополье, а также к Украине. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. В отличие от массовых Гайдуковых или Гайдученко, форма Гайдученев сохранила более архаичный патронимический суффикс -енев, который в некоторых регионах конкурировал с -енко. Если бы фамилия оформлялась по украинской модели, мы бы имели Гайдученко; по русской — Гайдуков или Гайдученков. Выбор суффикса -енев указывает на смешанную среду: возможно, предки жили на стыке русских и украинских земель, где фамилии образовывали по гибридным схемам.

Сословной принадлежности у Гайдученевых, скорее всего, не было — фамилия недворянская, не купеческая. В ревизских сказках и метриках XIX века такие фамилии чаще всего встречаются у государственных крестьян и однодворцев южных губерний. Прозвище Гайдученя могло быть не только профессиональным, но и уличным — так могли дразнить человека, который носил длиннополую одежду или любил командовать. В любом случае, фамилия сохранила память о конкретном человеке, которого в его окружении знали как «маленького гайдука».