Фамилия Гайткулов образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса принадлежности -ов. Она указывает на происхождение от отца или главы семьи по прозвищу или имени Гайткул. Основа фамилии — тюркское двусоставное имя, где первая часть «гайт» (вариант «гайыт», «гайып») восходит к арабскому «гайб» — «скрытый», «тайный», «невидимый», а в тюркской традиции — также «неожиданный», «чудесный». Вторая часть — «кул» — в переводе с тюркских языков означает «раб», «слуга», но в составе личных имён приобретает значение «раб Божий», «слуга Всевышнего». Таким образом, Гайткул — это «скрытый (или чудесный) раб Божий», имя с религиозным оттенком, характерное для мусульманской ономастики.

Такие сложные имена с компонентом «кул» особенно распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов, исповедующих ислам. Встречаются параллельные формы: Гайткулов, Гайыпкулов, а также фамилии, где первая часть записана через «а» — Гайткулов. Разница в написании объясняется особенностями местных говоров и записи имени при переписях — чиновники могли фиксировать имя на слух, не всегда точно передавая звуки.

По фамилии можно предположить, что предок носителя был человеком верующим, либо получил имя при рождении в честь одного из эпитетов Всевышнего. Сословно Гайткуловы могли относиться к крестьянам или мещанам — в XIX веке такие фамилии фиксировались в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях, в районах смешанного тюрко-русского населения. Данных о дворянском происхождении фамилии нет, и это нормально: подавляющее большинство русских фамилий тюркского корня — крестьянские или казачьи.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: основа Гайткул + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Гайткулóв, хотя в устной речи возможны варианты. Фамилия редкая, в современных справочниках массово не представлена, что делает её ценной для локальной генеалогии — поиск, скорее всего, приведёт к конкретному роду из одного села или волости.