Фамилия Гень чаще всего объясняется как сокращённая форма крестильного имени Геннадий. В украинской традиции, где любили усекать имена до одного-двух слогов, Геннадий легко превращался в Гень. Само имя Геннадий восходит к греческому слову со значением «благородный», поэтому фамилия в основе своей несёт ту же характеристику — «потомок благородного».

Интересно, что фамилия Гень почти не встречается в великорусских говорах, зато плотно привязана к юго-западу бывшей Российской империи. Это подтверждают и документальные записи. В Книге памяти Свердловской области значится Гень Карп Иванович, 1906 года рождения, родом из села Новоселки Здолбуновского района Ровенской области — то есть с исторической Волыни. А из Сведений Одесского академического центра известен Гень Леонид Самойлович, родившийся в 1900 году в самой Одессе. Оба случая указывают на украинские земли.

Что касается святых покровителей, то церковь почитает нескольких Геннадиев. Святитель Геннадий, патриарх Цареградский, память которого приходится на 13 сентября, и преподобный Геннадий Ватопедский (30 ноября). Но напрямую связывать фамилию с конкретным днём поминовения не стоит — в народе имя давали по святцам, а вот фамилия закреплялась уже за потомками.

Есть и более редкая, альтернативная версия: в некоторых западных говорах «гень» могло быть прозвищем от глагола «гнуть» или «гнать», но она значительно уступает по убедительности основной — антропонимической. Если исходить из географии бытования фамилии, версия с Геннадием выглядит единственной надёжной.