Фамилия Германцев образована от мужского имени Герман, которое восходит к латинскому «germanus» — «родной, единоутробный», а также «германец, воин, дружинник». У славян это имя давали редко, в основном знатные горожане. Имя Герман носил патриарх Константинопольский VIII века, причисленный к лику святых на 7-м Вселенском соборе в 788 году.

Фамилия построена по продуктивной модели: имя Герман плюс притяжательный суффикс -цев, который в русских фамилиях чаще встречается в форме -ов/-ев. Суффикс -цев указывает на принадлежность: «чей?» — Германов, но в разговорной речи и в некоторых говорах закрепился вариант с -цев, как в фамилиях Хвостовцев, Сокольцев. Такая форма встречается реже, чем стандартная -ов, и может говорить о северных или сибирских корнях носителей, где фамилии на -цев нередки.

Согласно другой версии, в основе фамилии не имя, а прозвище Германец — так могли назвать человека, имевшего отношение к германским землям или племенам. В Древней Руси слово «германец» практически не употребляли, поэтому прозвище могло появиться поздно, в период активных контактов с Западной Европой. Не исключено, что фамилия искусственная — её могли дать в семинарии или при переписи, когда требовалось образовать фамилию от имени или прозвища.

Таким образом, Германцев — либо отчество от имени Герман, либо прозвище, указывающее на связь с германцами. Вторая версия менее вероятна из-за позднего вхождения слова в русский язык.