Фамилия Гершгорен — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все другие версии. Она явно восходит к немецкому топониму Gersdorf (Герсдорф) или его варианту Gershorn, но в русской передаче закрепилась именно форма «Гершгорен».

Словообразовательная модель здесь необычна для славянских фамилий: окончание -ен не является русским суффиксальным показателем (как -ов или -ин). Скорее всего, это искажённое немецкое окончание -en, которое в немецких фамилиях часто указывает на форму дательного падежа множественного числа («из тех, кто из…»). То есть Гершгорен — это русифицированная версия немецкой фамилии Gershorn или Gershofen, которую носитель получил по названию места, откуда он или его предки переселились в Российскую империю.

Первая часть — «Герш» — это, скорее всего, не еврейское личное имя (Герш — производное от Йеhошуа), а фонетическая адаптация немецкого корня Gers- (от Gersdorf). Вторая часть «-горен» может восходить к немецкому Horn (рог, мыс, изгиб реки) или Hofen (дворы). Таким образом, исходное значение — «человек из Герсдорфа» или «с Герсхорна».

Фамилия практически не встречается в дореволюционных метрических книгах центральной России, что указывает на позднее появление — вероятно, в конце XIX — начале XX века, в период активной миграции немецких колонистов и еврейского населения из черты оседлости. Носители фамилии Гершгорен могли быть ремесленниками, торговцами или управляющими в немецких колониях Поволжья, Причерноморья или Прибалтики. Сословная принадлежность, скорее всего, мещанская или купеческая, но точных данных нет.

Из-за редкости фамилии её написание могло варьироваться: Гершгорн, Гершгорин, Гиршгорен. Но форма с конечным «-ен» закрепилась именно в русском языке как наиболее естественная для произношения.