Фамилия Гинкен — редкий пример русской фамилии немецкого происхождения, которая сохранила иноязычную основу и не была русифицирована типичными суффиксами вроде -ов или -ин. Её ядро — краткое именование Гинке, которое в немецкой традиции чаще всего служило уменьшительной формой от двух распространённых имён: Генрих и Йохан.

Имя Генрих собирается из древненемецких heim («дом») и ric («король»), и в буквальном смысле означает «домоправитель» или «властитель двора». Йохан — это немецкий вариант библейского Иоанна, который переводят с древнееврейского как «будет помилован», «Божья благодать» или «Божья милость». Таким образом, фамилия могла указывать на предка по имени Генрих или Йохан, которого в быту называли Гинке.

Однако есть и другая версия: слово hinken в средневерхненемецком языке означало «хромать». Если в основе лежит это слово, то прозвище Гинкен могло закрепиться за человеком с хромотой. Такие прозвища по физическим особенностям — хромой, косой, горбатый — были обычны в средневековой Европе, и в немецкой среде они нередко переходили в фамилии без дополнительных суффиксов.

Фамилия Гинкен почти не встречается в массовых русских переписях — это говорит о том, что её носители были либо немногочисленны, либо принадлежали к обрусевшим немецким колонистам, которые селились в Поволжье, Причерноморье или Петербургской губернии. В любом случае, перед нами фамилия-«иностранец», которая не обросла типичными русскими окончаниями и потому легко опознаётся как нерусская по форме.