Фамилия Глебеньков образована от имени Глебенек — народной, уменьшительной формы канонического имени Глеб. Само имя Глеб скандинавского происхождения, от древнескандинавского Guðleifr («наследник Бога» или «потомок Бога»), и вошло в русский именослов вместе с крещением Руси. Однако история имени получила мрачный оттенок из-за житийного сюжета: по приказу убийц повар князя Глеба перерезал ему горло — эта деталь из жития святых Бориса и Глеба прочно закрепилась в народной памяти.

В основе фамилии лежит суффикс -енк-, характерный для западнорусских и украинских земель, где форма Глебенек (Глебенько) была особенно употребительна. Суффикс -ов затем добавил типичное русское фамильное окончание, указывающее на принадлежность: «сын Глебенька». Таким образом, Глебеньков — это потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно Глебенек.

Фамилия редкая. Её география тяготеет к юго-западным регионам России, где смешивались великорусские и малороссийские диалектные традиции. Встречается также вариант Глебенько — без наращения -ов, что прямо указывает на украинское происхождение основы.

Сословная принадлежность первых носителей не зафиксирована, но по модели образования фамилия могла возникнуть как в крестьянской, так и в мещанской среде. Примечательно, что имя Глеб в народе иногда переосмыслялось через глагол «глебить» (гнуть, мять) или существительное «глеба» (ком земли, глыба), но для фамилии Глебеньков такая версия вторична и маловероятна: имя Глеб остаётся главным и бесспорным источником.